انفکاک این دانشگاه از دانشگاه جامع - که هر دوى این دانشگاه‌ها، مراکز و پایگاه‌هاى بسیار ارزشمندى هستند که سپاه پاسداران به وجود آورده است - به سود سپاه و براى پیشرفت علمى و فنى و عملى سپاه لازم بوده و هست و این کار باید در هر دو بخش با جدیت دنبال شود؛ هم در دانشگاه جامع، هم در دانشگاه افسرى و تربیت پاسدارى. اساتید خوب، مدیران خوب، جوانان خوب، بحمداللَّه جمعند. هر کدام ارزش هاى خود را دنبال کنند، وظایف خود را دنبال کنند.
 
بیانات مقام معظم رهبری در جمع دانش‌آموختگان دانشگاه امام حسین (ع)
1389/03/03